A linha Tōkaidō do Shinkansen começou a ser construída em 1959 com o objetivo de inaugurar o trem mais rápido da época, pouco antes das Olimpíadas de 1964 de Tóquio.
Em Shinkansen: Zero Kei, os jogadores assumem o papel de seus construtores. Eles se encarregarão de construir esta linha ferroviária histórica e todas as suas estações correspondentes. Eles também podem ajudar as instalações olímpicas em sua preparação para os Jogos. O jogador que provar ser o mais eficiente em sua função será declarado o vencedor.